La Indigo Film viene fondata nel 1994 da tre compagni di corso di produzione del Centro Sperimentale di Cinematografia, Nicola Giuliano, Francesca Cima e Carlotta Calori, anche se per alcuni anni i tre soci hanno lavorato per altre strutture.
Nicola Giuliano è stato direttore di produzione o organizzatore per i film di Mario Martone, Stefano Incerti, Mimmo Calopresti, Pappi Corsicato, Antonio Capuano e Nanni Moretti (Aprile), e ha collaborato attivamente per anni con Teatri Uniti di Napoli.
Dal 2001 è docente esterno del corso di Produzione presso la Scuola Nazionale di Cinema di Roma.
Dal 2002 insegna Produzione Cinematografica presso L´Istituto Universitario S.Orsola Benincasa di Napoli per la Cattedra di Scienza delle Comunicazioni.
Dal 2004 tiene annualmente un seminario di Produzione low budget presso la Escuela International de Cinema y Television di S. Antonio de los Banos a Cuba.
Francesca Cima ha lavorato stabilmente presso la Bianca film, divenendone col tempo socia minoritaria, curando la produzione e la post produzione di numerosi spot pubblicitari. Ha seguito inoltre la produzione dei film La parola amore esiste, diretto da Mimmo Calopresti, Questo è il giardino di Giovanni Maderna, Come si fa un Martini di Chicco Stella.
Dal 1999 al 2002 ha collaborato stabilmente con la struttura Fabrica Cinema curando la post-produzione dei film. (No Man´s Land, Secret Ballot).
Dal 2001, inoltre, è docente esterna di post-produzione presso la Scuola Nazionale di Cinema di Roma per i corsi di montaggio, produzione e suono.
Carlotta Calori ha lavorato per anni per la televisione satellitare Orbit come producer di documentari e programmi sul cinema e come senior producer dei canali specializzati nel Cinema, curandone il lancio e la promozione televisiva. Ha anche lavorato presso la Filmalpha seguendo la preparazione di lungometraggi (incluso Mouche di Marcel Carnè) e fiction per la tv.
Nel 2001 la Indigo Film produce il film lungometraggio, L´Uomo in Più, opera prima di Paolo Sorrentino, presentato in concorso al Festival di Venezia e accolto favorevolmente dalla critica italiana ed estera.
Tra il 2003 e il 2006, con Fandango e Medusa, realizza Le conseguenze dell´amore e L´amico di famiglia, secondo e terzo film di Paolo Sorrentino, entrambi presentati in concorso al Festival di Cannes.
Nel 2004 produce Apnea, opera prima di Roberto Dordit. Il film, distribuito dall´Istituto Luce, con il sostegno della CGIL, esce nel 2007 al Nuovo Sacher di Roma.
Nel 2005 realizza La guerra di Mario di Antonio Capuano, in concorso al Festival di Locarno.
Nel 2007 la Indigo Film è presente al Festival di Venezia con tre produzioni: i documentari Il passaggio della linea di Pietro Marcello (nella sezione Orizzonti doc), Bianciardi! di Massimo Coppola (nella sezione Giornate degli Autori) e il film lungometraggio La ragazza del lago, opera prima di Andrea Molaioli, selezionato dalla Settimana Internazionale della Critica. Il film, distribuito da Medusa e accolto con entusiasmo dalla stampa, è diventato un "piccolo caso" nel panorama cinematografico della stagione in corso vincendo dieci David di Donatello.
Nel 2008 la società produce Il divo di Paolo Sorrentino. Il film, incentrato su alcuni anni della vita politica e privata del Senatore Giulio Andreotti, è interpretato da Toni Servillo. Prodotto con la collaborazione di Lucky Red, Parco Film e Babe Films vince il premio della giuria a Cannes.
Nel 2009 la Indigo Film produce il film La doppia ora dell´esordiente Giuseppe Capotondi, in concorso a Venezia e vincitore della coppa Volpi per la miglior interpretazione femminile (per Xenia Rappoport).
Sempre nel 2009 la Indigo Film vince il festival di Torino con il documentario di Pietro Marcello, La Bocca del Lupo.
Nel 2010 la Indigo Film produce l'esordio cinematografico di Massimo Coppola con Hai paura del buio, in concorso nella Settimana della Critica alla Mostra del Cinema di Venezia.
Nel 2011 Indigo Film intraprende una importante esperienza di coproduzione internazionale con This Must Be the Place, scritto e diretto da Paolo Sorrentino e interpretato da Sean Penn. Nello stesso anno Indigo Film produce il secondo film di Andrea Molaioli, Il gioiellino, ispirato alla vicenda Parmalat, e l'esordio alla regia di Ivan Cotroneo con La kryptonite nella borsa, in concorso al Festival del Film di Roma. Sempre nel 2011 produce il documentario su Vasco Rossi Questa storia qua, evento fuori concorso alla Mostra Internazionale di Cinematografia di Venezia.
Il 2013 è un anno importante per la Indigo Film. A marzo esce in sala Benvenuto Presidente!, una commedia diretta da Riccardo Milani e interpretata da Claudio Bisio che registra un ottimo risultato al botteghino. Ad aprile debutta sul Corriere.it la prima serie di Una mamma imperfetta scritta e diretta da Ivan Cotroneo, realizzata in coproduzione con il Corriere della Sera e Rai Fiction, cui seguirà la messa in onda televisiva su Rai2 a settembre.
A maggio, dopo aver partecipato come film in concorso al Festival di Cannes, esce in sala La grande bellezza di Paolo Sorrentino, che torna a dirigere Toni Servillo. Il film, oltre a un importante successo al botteghino, ottiene numerosi riconoscimenti, tra cui il Golden Globe e il Bafta come miglior film straniero.
Sempre a maggio esce in sala il documentario di Stefano Sardo, Slow Food Story, sulla storia di uno dei più grandi movimenti gastronomico-culturali del mondo e del suo fondatore.
Dopo la messa in onda contemporanea sul web e in televisione della seconda serie di Una mamma imperfetta, a dicembre esce il film Il Natale della mamma imperfetta di Ivan Cotroneo.
A marzo 2014 La grande bellezza vince l'Oscar come Miglior Film Straniero.
Attualmente sono in corso le riprese de La Giovinezza - settimo film di Paolo Sorrentino - ed è in preparazione il film opera prima di Piero Messina, L´Attesa, con Juliette Binoche.